蛋白质生物信息学作为生物计算领域的一门重要学科，主要采用数学、信息和物理化学的研究手段，探究蛋白质序列、结构和功能之间的复杂关系。特别是，在人工智能驱动的后AlphaFold时代，蛋白质生物信息学研究日新月异，相关软件、数据库和分析策略已深刻改变着生命科学的研究范式，在生物技术和生物医药领域的研发中发挥着越来越重要的作用。 作为一门为生物科学和生物技术专业本科生开设的专业选修课，本课程总体目标是：1）帮助学生从海量的蛋白质数据中理解蛋白质序列、结构和功能的关系；2）帮助学生了解蛋白质相关的数据资源和常见的蛋白质生物信息学分析软件，重点掌握蛋白质空间结构预测；3）帮助学生了解蛋白质功能预测与分析的基本原理及常用软件；4）帮助学生理解蛋白质分子模拟与设计的基本原理及其具体应用。